公司几年前取得的发票被查补税咋办？

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不管多少年前取得的发票,只要上家走脱失联,只要你取得的发票被认定为异常凭证。

处理的流程：

1. 首先进项税额转出，补税。

2. 其次如果公司觉得很冤，提交证据向税务申请核查，核查属实再退税。

文件依据和异常凭证的税收文件依据如下:

国家税务总局关于走逃(失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告[条款废止]
国家税务总局公告2016年第76号 2016-12-1
为进一步加强增值税专用发票管理，有效防范税收风险，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》有关规定，现将走逃(失联）企业开具增值税专用发票认定处理的有关问题公告如下：

一、走逃（失联）企业的判定 【联系不上】
走逃（失联）企业，是指不履行税收义务并脱离税务机关监管的企业。
根据税务登记管理有关规定，税务机关通过实地调查、电话查询、涉税事项办理核查以及其他征管手段，仍对企业和企业相关人员查无下落的，或虽然可以联系到企业代理记账、报税人员等，但其并不知情也不能联系到企业实际控制人的，可以判定该企业为走逃（失联）企业。

二、走逃（失联）企业开具增值税专用发票的处理 【开具的专用发票属于“异常凭证”】
（一）走逃（失联）企业存续经营期间发生下列情形之一的，所对应属期开具的增值税专用发票列入异常增值税扣税凭证（以下简称“异常凭证”）范围。

1.商贸企业：购进、销售货物名称严重背离的；
2.生产企业：无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。
3.直接走逃失踪不纳税申报的
4.虚假申报的：虽然申报但通过填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。

（二）[条款废止]增值税一般纳税人取得异常凭证，尚未申报抵扣或申报出口退税的，暂不允许抵扣或办理退税；已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出；已经办理出口退税的，税务机关可按照异常凭证所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退税，无其他应退税款或应退税款小于涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。经核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，企业可继续申报抵扣，或解除担保并继续办理出口退税。
（三）异常凭证由开具方主管税务机关推送至接受方所在地税务机关进行处理，具体操作规程另行明确。
本公告自发布之日起施行。
特此公告。
国家税务总局
2016年12月1日

国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告
国家税务总局公告2019年第38号
现将异常增值税扣税凭证（以下简称“异常凭证”）管理等有关事项公告如下：38#公告异常凭证=76号公告4条+新增4条=8条
一、符合下列情形之一的增值税专用发票,列入异常凭证范围：
(一)纳税人丢失、被盗税控专用设备中未开具或已开具未上传的增值税专用发票；
(二)非正常户纳税人未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票；
(三)增值税发票管理系统稽核比对发现“比对不符、缺联、作废”的增值税专用发票；
(四)经税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等情形的；
(五)属于《国家税务总局关于走逃(失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）第二条第（一）项规定情形的增值税专用发票：
1.商贸企业：购进、销售货物名称严重背离的；
2.生产企业：无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。
3.直接走逃失踪不纳税申报的
4.虚假申报的：虽然申报但通过填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。

二、增值税一般纳税人申报抵扣异常凭证，同时符合下列情形的，其对应开具的增值税专用发票列入异常凭证范围：
（一）异常凭证进项税额累计占同期全部增值税专用发票进项税额70%（含）以上的；
（二）异常凭证进项税额累计超过5万元的。
纳税人尚未申报抵扣、尚未申报出口退税或已作进项税额转出的异常凭证，其涉及的进项税额不计入异常凭证进项税额的计算。

三、增值税一般纳税人取得的增值税专用发票列入异常凭证范围的，应按照以下规定处理:
(一)尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣。
(二)已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。【非A级纳税人无条件一律先转出补税】
（三）尚未申报出口退税或者已申报但尚未办理出口退税的，除另有规定外，暂不允许办理出口退税。适用增值税免抵退税办法的纳税人已经办理出口退税的,应根据列入异常凭证范围的增值税专用发票上注明的增值税额作进项税额转出处理；适用增值税免退税办法的纳税人已经办理出口退税的，税务机关应按照现行规定对列入异常凭证范围的增值税专用发票对应的已退税款追回。
　　纳税人因骗取出口退税停止出口退（免）税期间取得的增值税专用发票列入异常凭证范围的，按照本条第（一）项规定执行。
（四）消费税纳税人以外购或委托加工收回的已税消费品为原料连续生产应税消费品，尚未申报扣除原料已纳消费税税款的，暂不允许抵扣；已经申报抵扣的，冲减当期允许抵扣的消费税税款，当期不足冲减的应当补缴税款。
（五）纳税信用A级纳税人取得异常凭证且已经申报抵扣增值税、办理出口退税或抵扣消费税的，可以自接到税务机关通知之日起10个工作日内，向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税或消费税抵扣相关规定的，可不作进项税额转出、追回已退税款、冲减当期允许抵扣的消费税税款等处理。纳税人逾期未提出核实申请的，应于期满后按照本条第（一）项、第（二）项、第（三）项规定作相关处理。
A级纳税人接到通知10日内提出异议申请核实如果属实则不作转出补税
（六）纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税；符合消费税抵扣规定且已缴纳消费税税款的，纳税人可继续申报抵扣消费税税款。
非A级纳税人转出补税后提出异议申请核实如果属实可继续申请抵扣进项税额
四、经税务总局、省税务局大数据分析发现存在涉税风险的纳税人，不得离线开具发票,其开票人员在使用开票软件时，应当按照税务机关指定的方式进行人员身份信息实名验证。
五、新办理增值税一般纳税人登记的纳税人，自首次开票之日起3个月内不得离线开具发票，按照有关规定不使用网络办税或不具备风险条件的特定纳税人除外。
六、本公告自2020年2月1日起施行。《国家税务总局关于走逃（失联）企业开具增值税专用发票认定处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第76号）第二条第（二）项、《国家税务总局关于建立增值税失控发票快速反应机制的通知》（国税发〔2004〕123号文件印发,国家税务总局公告2018年第31号修改）、《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函〔2006〕969号）第一条第（二）项和第二条、《国家税务总局关于认真做好增值税失控发票数据采集工作有关问题的通知》（国税函〔2007〕517号）、《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》（国税函〔2008〕607号）、《国家税务总局关于外贸企业使用增值税专用发票办理出口退税有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第22号）第二条第（二）项同时废止。
特此公告。
国家税务总局
2019年11月1